Le operazioni di trasferimento delle opere procedono assai celermente. L´8 giugno 1940 ha inizio l´organizzazione del trasporto delle opere d´arte. Someda, nel diario, ricorda i nomi degli incaricati del trasporto delle opere provenienti dalle varie zone :

Cividale	Avv. Giuseppe Mariani
Fiume	Prof. Remo Fenili
Gorizia	Prof. Giuseppe Franzotti
Trieste	Prof. Nicolò Rota
Friuli (Pordenone, Latisana e Spilimbergo)	Prof. Tiburzio Donadon

Il 13 giugno arrivano a Villa Manin le prime casse dal convento di S. Francesco di Pola. Nell´agosto 1940 nelle cinque sale del piano terra si contano oltre 500 casse, contenenti opere d´arte da tutta l´area, appartenenti sia a privati che a enti pubblici ed ecclesiastici. Molte vengono fotografate, così come vengono fotografate – probabilmente anche a scopo propagandistico – alcune fasi delle operazioni di trasferimento. Scriverà Someda de Marco rievocando la sua esperienza in un saggio pubblicato negli “Atti dell´Accademia di Scienze Lettere ed Arti di Udine” (1945-1948), che si era trattato di una “raccolta d´un complesso di materiale, di bellezza, e di studio che se fosse stato possibile esporre avrebbe potuto comporre una esposizione talmente varia di cose d´arte da credere non ne sia stata mai una d´eguale.”

Il 14 giugno 1940 Someda de Marco riporta con la puntualità degna di un cronista la descrizione di Villa Manin e della sua organizzazione interna: l´edificio è distante dalla strada, le sale sono intercomunicanti tra loro, salubri e facilmente arieggiabili. Tutte le comunicazioni con gli altri ambienti sono solidamente sbarrate dall´interno; nella immediata adiacenza delle sale è posto il corpo di guardia del regio esercito; all´interno due custodi di fiducia, Ernesto Bros e Giovanni Mini, prestano servizio per ogni evenienza e ad essi spetta anche la sorveglianza, l´areazione e la pulizia degli ambienti; sono costretti a dormire all´interno delle sale, non devono assolutamente far entrare estranei nelle sale e non devono abbandonare il posto per nessuna ragione; in caso di problemi devono darne conto al direttore dell´accentramento.

A fine luglio Someda de Marco appunta che l´Ispettore Nicolò Rota consegna il modello del distintivo per la protezione degli edifici contro i bombardamenti aerei; tale distintivo consiste in un rettangolo diviso diagonalmente in bianco-nero circondato da una fascia gialla e dovrà essere posto sul tetto di Villa Manin.

Sia il trasporto delle opere, sia la loro conservazione a Villa Manin furono curati da Someda de Marco con grande attenzione.
Uno dei problemi ricorrenti per il direttore nell´attività di controllo dell´accentramento fu la mancanza di carburante per gli spostamenti in automobile (non ne venivano concessi più di 10 litri al mese!).

Nel corso degli eventi bellici anche il raggiungimento della Villa si fece sempre più complicato: penuria di mezzi, restrizioni alla circolazione sempre più rigorose e difficoltà nell´ottenimento dei permessi costrinsero Someda de Marco ad effettuare i suoi continui viaggi d´ispezione verso la Villa con la bicicletta (anche questi a volte impossibili per la mancanza di gomme!). :

“Mi sono portato a Passariano, 70 km in bicicletta, la bicicletta è rimasto l´unico mezzo di trasporto” (12 settembre 1943)

Il 23 luglio 1943 il ministro dell´Educazione Nazionale rivolgeva un ringraziamento pubblico a quanti avevano prestato fino ad allora la loro opera per la salvaguardia del patrimonio in contingenze difficili. La comunicazione, da parte del Soprintendente Franco, giungeva a Someda de Marco il 26 luglio, un giorno dopo la caduta del Fascismo.